John Malkovich Amerikában született, de apai ágon horvát, anyai ágon francia, német, skót és angol vér csörgedezik az ereiben. Egyetemistaként Chicagóban színházat alapított Steppenwolf Theatre néven, a társulatnak színésze, rendezője és díszlettervezője is volt, és nem utolsó sorban itt ismerte meg első feleségét, Glenne Headlyt. Hamarosan az off-Broadway színházaiban léphetett fel, 1985-ben pedig a tévés szakma legnagyobb kitüntetését, az Emmy-díjat vehette át Az ügynök halála című Arthur Miller-dráma televíziós változatáért.
Első jelentős filmszerepét 1984-ben a Hely a szívemben című drámában kapta, amiért rögtön Oscar-díjra is jelölték. Ugyanebben az évben szerepelt a vörös khmerek Kambodzsájában játszódó Gyilkos mezők című filmben. Első főszerepét 1987-ben Steven Spielberg A nap birodalma című háborús eposzában kapta. A nagy áttörést a következő évben a Stephen Frears rendezte Veszedelmes viszonyok hozta meg számára, kettős értelemben. A női főszereplő Michelle Pfeifferrel kialakult viszonyára a házassága is ráment. 


Magánéleti válságából a Bernardo Bertolucci rendezte Oltalmazó ég húzta ki: a forgatáson ismerkedett meg második feleségével, Nicoletta Peyrannel, akivel immár több mint három évtizede él együtt. 
A kaméleonszerűen sokarcú Malkovich a legkülönfélébb karaktereket öltötte már magára, sokak szerint a leghitelesebb alakítást az ördögi szerepekben, különlegesen neurotikus és megszállott figurákat megformálva nyújtja. Volt már szellemileg visszamaradt vándormunkás (Egerek és emberek), az amerikai elnök életére törő pszichotikus bérgyilkos (Célkeresztben, ebben kapta második Oscar-jelölését), egyszerre Dr. Jekyll és Mr. Hyde (A gonosz csábítása).


Megszemélyesítette a filmrendező Michelangelo Antonionit (Túl a felhőkön), a festőművész Gustav Klimtet (Klimt), a diplomata Talleyrand-t (a Napóleon című tévésorozatban) és VII. Károly francia királyt (Szent Johanna) is. Szerepelt kosztümös kalandfilmben (A vasálarcos), akciófilmben (Con Air – Fegyencjárat), társadalmi drámában (Elcserélt életek), volt CIA-ügynök (Égető bizonyíték), és játszott vígjátékban (Kubrick menet).


Igazi különlegességnek számít A John Malkovich-menet című szürreális alkotás, amelynek szereplői Malkovich agyában találják magukat. Az önmagát alakító színész a filmért elnyerte a New York-i filmkritikusok díját. Az elmúlt évtizedben is több tucat filmet forgatott a legkülönfélébb műfajokban, nem egyet közülük Európában. Játszott több thrillerben, televíziós sorozatokban, a többi között a Milliárdok nyomában szériában, Az ifjú pápa című tévésorozatban, az Űrhadosztály című vígjáték-sorozatban, az Agatha Christie – ABC-gyilkosságok angol krimisorozatban pedig a belga detektív, Hercule Poirot bőrébe bújt.

Hangját adta animációs (A Madagaszkár pingvinjei) és dokumentumfilmeknek egyaránt. A magyar mozikban jelenleg a Vendég a francia kastélyban című francia romantikus vígjátékban láthatjuk, amelyben egy tévedés folytán komornyik szerepbe kényszerül. Egyébként rajong a francia kultúráért: tíz évig élt Franciaországban, odaadó híve a gall konyhának. Lisszabonban társtulajdonosa egy étteremnek és egy szórakozóhelynek. Hobbija a divattervezés, férfiruha-kreációit Technobohemian márkanéven hozták forgalomba. A sokoldalú Malkovich, akit az Empire magazin beválasztott a 100 legszexisebb filmsztár közé, szerepet vállalt videoklipben (Annie Lennox: Walking on Broken Glass), és George Clooney partnereként a Nespresso kávét is népszerűsítette.

Saját bevallása szerint mindazonáltal a színház a szenvedélye és szerelme, minden mással jobbára pénzkereset céljából foglalkozik. Rendezőként is kipróbálta magát, első alkalommal a Táncos a házban című politikai thrillert instruálta, amelynek főszerepét az Oscar-díjas Javier Bardem játszotta. Az edinburghi fesztiválon egy Harold Pinter-darabot vitt színre, tíz éve pedig a filmes karrierjét elindító Veszedelmes viszonyokat állította színpadra Párizsban. A 2012-es színházi világnapon az ő üzenetét olvasták fel a színházakban az előadások előtt. 
Magyarországon több alkalommal is járt: 2012-ben a Budapesti Tavaszi Fesztivál alkalmával a Vígszínházban a Pokoli vígjáték – Egy sorozatgyilkos vallomásai című zenés darabban, 2017-ben A diktátor utolsó beszéde című előadásában lépett színpadra a Müpában, 2018-ban a Kongresszusi Központban Ernesto Sabato argentin író novelláját adta elő nagyzenekari kísérettel. Ugyanekkor volt látható a Műcsarnokban Sandro Miller Malkovich, Malkovich, Malkovich – Tisztelet a kamera mestereinek című kiállítása, amelyen az amerikai fotóssal a világ 35 legikonikusabb alkotását idézték meg újra, mindegyiket a színész arcával, a szerencséseknek ő maga tartott tárlatvezetést. Tavaly A zenekritikus című zenés stand-up nagyzenekari változatának világpremierén állt az Erkel Színház színpadára az Óbudai Danubia Zenekar kíséretében.
 
Fotó: Cirko Film